Pour répondre de manière cohérente aux grands enjeux contemporains, la FSM structure son programme scientifique autour de six thématiques complémentaires. Chacune articule avancées théoriques et méthodes numériques (simulation, estimation structurelle, analyse de données) avec des applications à fort impact, en mobilisant des expertises croisées en économie, mathématiques et physique. Ces thématiques visent à faire dialoguer les disciplines, accélérer le transfert méthodologique et éclairer la décision publique et privée.
| Équipe | Systèmes complexes | Incertitude / événements rares | Finance & risques | Entreprises, marchés & info | Politiques publiques & dév. | Environnement |
| THEMA | (5) | (5) | (9) | (9) | (21) | (2) |
| Modal’X | (24) | (10) | (6) | — | — | (8) |
| LPTM | (4) | — | (1) | — | — | (2) |
| CEPN | (1) | (4) | (4) | (6) | (8) | (7) |
| LAGA | (20) | — | (4) | — | — | (4) |
| AGM | (12) | (1) | — | — | — | — |
| LEMMA | (1) | (4) | (3) | (4) | (5) | (2) |
| EPEE | — | (3) | (3) | — | (2) | (2) |
| CERESSEC | — | (3) | (18) | (22) | (4) | (6) |